1. Керівництво

• Голова
• Перший заступник Голови
• Заступник Голови
• Заступник Голови з питань цифрового розвитку, цифрових трансформацій і цифровізації (CDTO)

2. Департамент державного геологічного контролю

• Відділ контролю за геологічним вивченням та використанням надр
• Центральний міжрегіональний відділ
• Східний міжрегіональний відділ
• Західний міжрегіональний відділ
• Південний міжрегіональний відділ
• Азово-Чорноморський міжрегіональний відділ
• Північний міжрегіональний відділ

3. Департамент правового забезпечення

• Відділ нормотворчої діяльності та адаптації європейського законодавства
• Відділ правової роботи
• Відділ представництва інтересів Держгеонадр в судових органах
• Відділ взаємодії з правоохоронними органами

4. Департамент бухгалтерського обліку, звітності, забезпечення діяльності та управління майном

• Відділ планово-економічної роботи та роботи з державними підприємствами
• Відділ матеріально-технічного забезпечення та управління майном
• Відділ бухгалтерського обліку та звітності
• Відділ документообігу та контролю

5. Управління геології

• Відділ гідрогеології та екогеології
• Відділ геологічних, геофізичних досліджень нафти і газу
• Відділ рудних та нерудних корисних копалин

6. Управління з питань реалізації угод про розподіл продукції

• Відділ супроводження реалізації угод про розподіл продукції
• Відділ контролю за виконанням зобов’язань інвесторів

7. Відділ використання надр та забезпечення виконання процедур надання спеціальних дозволів
8. Відділ аукціонної діяльності
9. Сектор взаємодії зі ЗМІ, супроводження ІТ систем та міжнародного співробітництва
10. Сектор з мобілізаційної роботи, цивільного захисту
11. Сектор з внутрішнього аудиту
12. Сектор наукового супроводження геологорозвідувальних робіт
13. Сектор по роботі з персоналом та державними підприємствами
14. Сектор з публічних закупівель
15. Головний спеціаліст з питань запобігання та виявлення корупції
16. Головний спеціаліст з режимно-cекретної роботи

Гранична чисельність працівників Державної служби геології та надр України встановлюється у кількості 139 штатних одиниць.